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    (8~9月)環狀RNA研究影響因子10+文章集錦
    日期:2020年09月21日    來源:
    高 分文章導讀
    環狀RNA作為新發現的RNA分子,從誕生之日起就是光環加身,屢屢登上Science、Nature、Cell等高 分期刊。2019年環狀RNA共發表SCI論文885篇,較2018年增長約20%,其中大于10分的文章約60篇,是2018年的3倍左右。2019年關于環狀RNA的國自然審批金額高達8000多萬,環狀RNA的火熱程度可想而知。2020年國自然還未公布,但是小編預測環狀RNA如果還是集中在吸附microRNA的ceRNA機制上,可能會造成專家審美疲勞,影響中標率。環狀RNA海綿機制并不是唯 一的環狀RNA參與調控的機制。近期近期多篇關于環狀RNA機制研究,揭示了環狀RNA在腫 瘤方向的研究進展。

    文章一
    環狀RNA CDR1as破壞p53/MDM2復合體,抑 制膠質瘤的形成
    發表雜志:Molecular Cancer
    影響因子:41.44
    發表日期:2020.09.07
    研究方法:RIP-seq,RIP-qPCR,熒光素酶驗證
    文章鏈接:《Circular RNA CDR1as disrupts the p53/MDM2 complex to inhibit Gliomagenesis》
    抑ai基因p53的失活對膠質瘤的發病機制至關重要,尤其是多形性膠質母細胞瘤(GBM)。MDM2是p53的主要負調節因子,與p53結合形成穩定的復合物來調節其活性。迄今為止,尚不清楚p53/MDM2復合物的穩定性是否受環狀RNAs的影響。 本文發現CDR1as與p53蛋白存在結合,CDR1as的表達隨著膠質瘤分級的增加而降低,它是膠質瘤(尤其是GBM)生存率的一個可靠的**預測因子。CDR1as通過一種**于miRNA海綿的機制,通過防止p53蛋白泛素化來穩定p53蛋白。CDR1as直接與MDM2結合所必需的p53 DBD結構域相互作用,從而破壞p53/MDM2復合物的形成。由DNA損傷誘導,CDR1as可以保持p53功能并保護細胞免受DNA損傷。值得注意的是,CDR1as在體外和體內抑 制腫 瘤生長,但在p53缺失或突變的細胞中幾乎沒有影響。
    CDR1as不是充當miRNA海綿,而是通過直接結合到其DBD區的p53來限制MDM2相互作用,從而起到抑ai作用。 因此,CDR1as結合會破壞p53 / MDM2復合物,從而阻止p53泛素化和降解。CDR1as也可能感知DNA損傷信號并與p53形成保護性復合物以保留p53的功能。 因此,CDR1as耗竭可能通過下調神經膠質瘤中p53的表達來促進腫 瘤發生。 我們的結果進一步拓寬了我們對環狀RNA的作用和作用機理的理解,尤其是CDR1as的作用,并可能為有效的神經膠質瘤治 療開辟新的治 療途徑。
    文章二
    環狀RNA通過與宿主基因相互作用抑 制DNA損傷修復
    發表雜志:Molecular Cancer
    影響因子:41.44
    發表日期:2020.09.07
    研究方法:全轉錄組測序,qPCR,質譜
    文章鏈接:《CircRNA inhibits DNA damage repair by interacting with host gene》
    去調控的環狀RNA與ai癥的發生和治 療耐藥有關。然而,環狀RNA的功能研究大多集中在可能的miRNA或蛋白質結合上,而更多的環狀RNA對腫 瘤宿主基因DNA的潛在調控尚不清楚。
    本文發現在外周血中環狀RNA比其宿主線性基因平均表達更高。相對于鄰近的正常組織,與宿主基因SMARCA5相反,circSMARCA5在乳腺ai組織中減少了。circSMARCA5的強制表達在體外和體內均可誘導乳腺ai細胞株的藥物敏感性。此外,文章證明circSMARCA5可以與其親本基因座結合,形成一個R環,從而導致SMARCA5的15號外顯子的轉錄暫停。CircSMARCA5的表達導致SMARCA5的下調和截短的非功能蛋白的產生,而circSMARCA5的過表達足以提高對細胞毒性 藥物的敏感性。這項結果揭示了一種新的環狀RNA調控機制,并為環狀RNA可能成為耐藥乳腺ai患者的治 療靶點提供了證據。
    文章三
    一種新的環狀RNA,CIRC-CCAC1,有助于CCA的進展,誘導血管生成,并破壞血管內皮屏障
    發表雜志:Hepatology
    影響因子:17.298
    發表日期:2020.08.04
    研究方法:RNA-seq,RIP,RNA pull down,ChIP,熒光素酶分析,qRT-PCR
    文章鏈接:《A novel circular RNA, circ-CCAC1, contributes to CCA progression, induces angiogenesis, and disrupts vascular endothelial barriers》
    環狀ENA(circRNAs)和細胞外囊泡(EVs)與多種惡性腫 瘤有關。本文旨在闡明膽管ai(CCA)細胞和EVs中失調的circRNAs的功能和機制。用CircRNA微陣列技術鑒定CCA組織和EVs中CircRNA的表達譜。采用qRT-PCR檢測膽管ai相關環狀RNA-1(circ-CCAC1)的表達。通過受試者操作特征曲線、Fisher精確檢驗、Kaplan-Meier圖和Cox回歸模型分析circ-CCAC1的臨床重要性。分別在CCA細胞和HUVECs中探討circ-CCAC1和外泌體circ-CCAC1的功能。采用不同的動物模型對體外實驗結果進行驗證。采用RNA測序、生物信息學、RNA免疫沉淀、RNA下拉、染色質免疫沉淀、測序和熒光素酶報告分析來確定CCA細胞和HUVEC中circ-CCAC1的調控網絡。ai性膽汁EVs和組織中Circ-CCAC1水平升高,circ-CCAC1在CCA患者中的診斷和預后價值被認可。對于CCA細胞,circ-CCAC1通過海綿化miR-514a-5p上調YY1來促進細胞的進展。同時,YY1直接與CAMLG的啟動子結合,激 活其轉錄。此外,CCA衍生EVs的circ-CCAC1被轉移到內皮單層細胞,破壞內皮屏障的完整性并誘導血管生成。機制上,circ-CCAC1通過將EZH2隔離在細胞質中,從而增加了SH3GL2的表達,從而降低了細胞間連接蛋白的水平。體內研究進一步表明,循環EVs和細胞中circ-CCAC1水平的增加促進了CCA腫 瘤的發生和轉移。結論:Circ-CCAC1在CCA腫 瘤發生和轉移中起重要作用,可能是CCA的重要生物標志物/治 療靶點。
    文章四
    可誘導的環狀RNA CircKcnt2通過抑 制ILC3的激 活,以促進結腸炎的消退
    發表雜志:Nature Communications
    影響因子:17.69
    發表日期:2020.08.14
    研究方法:RT-qPCR,ChIP
    文章鏈接:《An inducible circular RNA circKcnt2 inhibits ILC3 activation to facilitate colitis resolution》
    Group3固有淋巴樣細胞(ILC3)是腸道免疫、炎癥和組織穩態的重要調節因子,但ILC3的激 活如何調節仍不清楚。本文發現了一種新的環狀RNA(CircRNA) CircKcnt2,它在腸道炎癥過程中對ILC3起誘導作用。CircKcnt2基因缺失會導致小鼠腸道ILC3活化和嚴重結腸炎。在機制上,CircKcnt2作為一種核CircRNA,將核小體重塑脫乙?;?NuRD)復合物招募到BATF啟動子上,抑 制BATF的表達,進而抑 制IL17的表達,進而抑 制ILC3的失活,從而促進先天性結腸炎的消退。此外,Mbd3Rag1和CircKcnt2Rag1小鼠在葡聚糖硫酸鈉(DSS)治 療后出現嚴重的先天性結腸炎,同時BATF的缺失促進結腸炎的消退。綜上所述,本文數據支持CircRNA CircKcnt2在調節ILC3失活和解決先天性結腸炎方面的功能。

    環狀RNA文章研究一覽(2020)

    環狀RNA文章研究一覽

    云序環狀RNA課題技術服務四大模塊
    一、環狀RNA篩選
    1.1 環狀RNA測序
    1.2 全轉錄組測序(同時檢測circRNA、lncRNA、mRNA)
    二、環狀RNA驗證
    2.1 qRT-PCR
        對選定目標RNA分子可進行qPCR檢測服務,包括引物設計與表達鑒定。
    2.2  Sanger測序與RNase R酶耐受實驗
         對選定的環狀RNA分子進行反式剪切位點引物設計,擴增后Sanger測序驗證環狀;使用RNase R酶處理環狀RNA分子,驗證環狀RNA分子穩定性。
    三、CircRNA功能機制研究
    3.1RIP測序/qPCR
        針對目標蛋白抗體把蛋白-RNA復合物沉淀下來,并對復合物上的RNA進行測序或對目標RNA進行qRCR表達分析。
    3.2  RNA pull-down+MS/WB/qPCR/RNA-Seq
        設計目標RNA生物探針把相應的結合蛋白質與RNA復合物沉淀下來,蛋白質譜檢測或WB檢測與RNA結合的蛋白。設計目標RNA生物探針把相應的結合蛋白質與RNA復合物沉淀下來,qPCR檢測或RNA-seq檢測與RNA結合的RNA。
    3.3 雙熒光素酶報告實驗
        雙熒光素酶報告實驗檢測兩個基因之間的互作。
    3.4 病 毒液以及siRNA設計
        提供circRNA過表達以及干擾慢病 毒,腺病 毒以及設計siRNA。
    四、CircRNA修飾研究
    4.1 m6A/m5C/ac4C/m7G/m1A等修飾
        針對環狀RNA各類修飾進行高通量篩選。
    4.2 MeRIP-circRNA-PCR驗證
        對高通量測序的結果,通過qPCR進行進一步驗證。
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