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    高分文章集錦!1-4月m6A**研究進展
    日期:2022年05月11日    來源:公眾號-云序生物課堂
    m6A修飾是一種可逆的RNA修飾類型,也是目前RNA中研究*清楚的一種修飾方式。有關RNA m6A修飾*早的研究報道在1974年,隨后在各物種中被發現,m6A修飾幾乎在所有RNA代謝過程中發揮重要作用。目前針對m6A RNA甲基化的研究仍然如火如荼。近幾月,有關m6A RNA甲基化修飾的高分文章依舊層出不窮,多篇文章報道了m6A在各個研究方向的機制。那么有哪些具體的進展?有哪些新的方法思路?小編匯集了1月至今這四個月的多篇m6A RNA修飾高分文章,帶大家把握這一領域的**研究進展。

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    m6A近期20+高分文章匯總

    一、文章展示

    1、哺乳動物m6A RNA修飾的單堿基分辨率檢測方法:m6A-SAC-seq
    發表期刊:Nat Biotechnol
    影響因子:54.908
    發表時間:2022.03.14
    文章鏈接:m6A RNA modifications are measured at single-base resolution across the mammalian transcriptome

    RNA m6A修飾的功能研究由于無法在整個轉錄組中繪制單個m6A修飾位點而受到限制。為了實現這樣的研究,作者在這里引入了m6A選擇性烯丙基化學標記和測序(m6A-SAC-seq),這是一種在單核苷酸分辨率下定量繪制全轉錄組m6A譜的方法。這種方法只需要約30ng的poly(A)或去rRNA的RNA。通過此技術作者繪制了RNA的m6A修飾譜,發現了許多細胞狀態特異性m6A位點,它們的甲基化狀態在細胞分化過程中是高度動態的。并觀察了HSPC分化關鍵轉錄因子(TFs)編碼或調控的轉錄本的化學計量以及表達水平的變化。m6A-SAC-seq是一種定量分析m6A位點在多種生物過程中的動態和功能作用的方法。
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    2、ployA尾的m6A修飾可以穩定VSG轉錄本
    發表期刊:Nature
    影響因子:49.962
    發表時間:2022.03.30
    文章鏈接:N6-methyladenosine in poly(A) tails stabilize VSG transcripts

    RNA修飾是基因表達的重要調控因子。在布氏錐蟲中,轉錄是多順反子的,因此大多數調控發生在轉錄后。m6A已在這種寄生蟲中被檢測到,但其功能尚不清楚。在這項研究中,作者發現m6A在342個轉錄本中富集,并富集在編碼變異表面糖蛋白(VSGs)的轉錄本中。大約50%的m6A位于活躍表達的VSG轉錄本poly(A)尾部。m6A殘基在去烯化和mRNA降解之前從VSG poly(A)尾部被去除。計算分析顯示,多聚(A)尾部的m6A與VSG基因3'UTR區的16-mer基序之間存在關聯。利用遺傳工具發現16-mer基序作為順式作用基序,這是m6A包含在poly(a)尾部所必需的。從VSG基因的3'UTR區去除這個基序,導致poly(A)尾部缺乏m6A,快速的脫腺苷化和mRNA降解。這是**在真核生物的poly(A)尾部發現RNA修飾,揭示了基因調控的轉錄后機制。
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    3、FTO在mESCs和小鼠發育中介導LINE1 m6A去甲基化和染色質調控
    發表期刊:Science
    影響因子:47.728
    發表時間:2022.05.05
    文章鏈接:FTO mediates LINE1 m 6 A demethylation and chromatin regulation in mESCs and mouse development

    m6A是哺乳動物mRNA上*豐富的內部修飾,FTO是其去甲基化酶。盡管有**的研究,但FTO在哺乳動物組織和發育中的主要底物和功能仍不清楚。本研究表明,在小鼠胚胎干細胞(mESCs)中,FTO介導LINE1 RNA的m6A去甲基化,調節LINE1 RNA的豐度和局部染色質狀態,進而調控包含LINE1的基因的轉錄。FTO介導的LINE1 RNA m6A去甲基化在小鼠卵母細胞和胚胎發育過程中也對染色質狀態的形成和基因表達起調控作用??傊?,FTO對LINE1 RNA m6A去甲基化的調控在哺乳動物中具有**的影響。
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    4、研究表觀轉錄組學的技術進展
    發表期刊:Cell
    影響因子:41.582
    發表時間:2022.03.03
    文章鏈接:The epitranscriptome toolbox

    在過去的十年,數千項研究中證實了mRNA修飾與基因表達調控有關的觀點。到目前為止,新的技術和方法允許對越來越多的RNA修飾進行精確的識別、轉錄組范圍的映射和功能表征,為這些標記的生物學提供了重要的見解。大多數方法都是為研究m6A而開發的,m6A是mRNA*常見的內部修飾。然而,其他RNA修飾的獨特特性刺激了其他方法的發展。本文作者討論了可用的工具和方法來檢測和研究不同的RNA修飾。
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    5、在膠質母細胞瘤干細胞中轉錄延伸機制是一種藥物依賴性和強化免疫療法
    發表期刊:Cancer Discov
    影響因子:39.397
    發表時間:2022.02
    文章鏈接:Transcription Elongation Machinery Is a Druggable Dependency and Potentiates Immunotherapy in Glioblastoma Stem Cells

    膠質母細胞瘤是一種由膠質母細胞干細胞(GSCs)促進的、以**耐藥性為特征的*致命的原發性腦*。在這項研究中,作者在大量的患者來源的GSC、分化膠質母細胞瘤細胞(DGCs)和神經干細胞(NSCs)中進行了基因表達和全基因組CRISPR/Cas9篩選,以確定GSC干細胞干細胞性的主要調節因子,揭示了RNA聚合酶ii介導的轉錄增加的基本轉錄狀態。YY1和轉錄CDK9復合物是GSC在體外和體內生存和維持所必需的。YY1與CDK9相互作用調控GSCs的轉錄伸長。YY1-CDK9復合物的遺傳或藥理學靶向引起了RNA m6A修飾依賴的干擾素反應,減少了調節性T細胞浸潤,增強了膠質母細胞瘤免疫檢查點**的療效??偟膩碚f,這些結果表明,YY1-CDK9轉錄延伸復合物定義了膠質母細胞瘤中具有活性轉錄、抑制干擾素反應和免疫**抗性的靶細胞狀態。
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    6、METTL16通過m6A-非依賴的方式促進翻譯和**發生
    發表期刊:Nat Cell Biol
    影響因子:28.824
    發表時間:2022.02.10
    文章鏈接:METTL16 exerts an m6A-independent function to facilitate translation and tumorigenesis

    METTL16*近被鑒定為一種RNA甲基轉移酶,在一些轉錄本中負責m6A的沉積。METTL16是否會使大量轉錄產物甲基化,類似于METTL3和METTL14,目前尚不清楚。在這里,作者發現METTL16在基因調控中既發揮著甲基轉移酶活性依賴的功能,也發揮著非依賴的功能。在細胞核中,METTL16作為m6A“writer”,將m6A沉積到數百個其特定的mRNA靶標中。在細胞質中,METTL16以一種不依賴于m6A的方式促進翻譯。具體來說,METTL16通過其Mtase域直接與真核生物起始因子3a和b以及rRNA相互作用,從而促進翻譯起始復合體的組裝,促進4000多個mRNA轉錄本的翻譯。此外,還證明了METTL16在肝細胞*的**發生中至關重要??偟膩碚f,本研究揭示了以前未被重視的METTL16作為m6A作者和翻譯起始促進因子的雙重功能,這兩種功能共同促進了其在**發生中的基本功能。
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    7、ALKBH5通過調控PKMYT1的m6A修飾抑制胃*侵襲
    發表期刊:Mol Cancer
    影響因子:27.401
    發表時間:2022.02.03
    文章鏈接:Demethylase ALKBH5 suppresses invasion of gastric cancer via PKMYT1 m6A modification

    胃*是嚴重危害人類健康的惡性**之一,其中胃*轉移是****失敗的主要原因之一,但m6A與胃*轉移的相關性報道較少。本研究中,作者通過m6A-MeRIP-seq、RNA-seq、RNA pull down以及RIP等技術檢測ALKBH5在胃*組織和細胞系中的表達情況、靶基因篩選和目的基因“reader”蛋白的搜索。該機制也通過肺轉移模型的尾靜脈注射方法得到驗證。發現ALKBH5在胃*中表達下降,與臨床**遠端轉移和淋巴結轉移有關。ALKBH5的干擾促進了胃*細胞的轉移,這種作用與ALKBH5的去甲基酶活性密切相關。PKMYT1作為ALKBH5的下游靶點,促進胃*的侵襲和遷移。PKMYT1表達上調是由ALKBH5基因敲除或去甲基酶活性突變引起的,表明ALKBH5以依賴于m6A的方式調控PKMYT1的表達。且IGF2BP3通過其m6A修飾位點幫助穩定PKMYT1 mRNA的穩定性。綜上所述,本研究建立了ALKBH5-PKMYT1-IGF2BP3轉移調控系統,為胃*轉移提供了新的**靶點。
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    8、ALKBH5通過IKKε/TBK1/IRF3通路抑制RIG-I表達和干擾素α的產生進而促進**進展
    發表期刊:Mol Cancer
    影響因子:27.401
    發表時間:2022.04.09
    文章鏈接:The m6A demethylase ALKBH5 promotes tumor progression by inhibiting RIG-I expression and interferon alpha production through the IKKε/TBK1/IRF3 pathway in head and neck squamous cell carcinoma

    m6A RNA修飾在各種生理和病理條件下發揮著重要作用。然而,m6A修飾在頭頸部鱗狀細胞*(HNSCC)中的作用尚不明確。采用組織芯片技術檢測HNSCC中m6A去甲基化酶的表達,利用m6A-MeRIP-seqRNA-seq鑒定ALKBH5的下游靶點,ChIRP-MS技術尋找m6A “reader”蛋白。在此,作者證實了在HNSCC中m6A修飾下調和兩種去甲基化酶上調,沉默去甲基酶ALKBH5會抑制**進展。此外,ALKBH5下調了DDX58 mRNA的m6A修飾,“reader”蛋白HNRNPC與DDX58 mRNA的m6A位點結合,促進其成熟。而過表達ALKBH5可使C3H免疫小鼠**浸潤淋巴細胞數量減少,IFNα可使其恢復。在HNSCC患者中,AKLBH5的上調與RIG-I和IFNα表達呈負相關。這些發現揭示了m6A修飾通過ALKBH5/RIG-I/IFNα軸介導的免疫微環境調節的新機制,為在HNSCC中靶向外轉錄組調節因子的**提供了理論基礎。
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    二、云序生物m6A修飾研究五大模塊

    01 m6A RNA修飾測序
    m6A RNA修飾測序(m6A-meRIP-seq
    對m6A RNA甲基化,目前***的檢測手段為m6A-MeRIP-Seq技術,適用于m6A RNA甲基化譜研究,快速篩選m6A RNA甲基化靶基因。云序可提供mRNA和多種非編碼RNA的m6A測序:
    • m6A 全轉錄組測序(涵蓋mRNA,LncRNA,circRNA)
    • m6A  LncRNA測序(涵蓋LncRNA和mRNA)
    • m6A  Pri-miRNA測序(涵蓋Pri-miRNA和mRNA)
    • m6A  mRNA測序
    • m6A  miRNA測序
    02 檢測整體m6A RNA修飾水平
    LC-MS/MS檢測整體RNA修飾水平
    **高效,可以實現一次檢測,9類修飾水平檢測,一步到位。
    比色法檢測整體RNA修飾水平
    快速檢測m6A整體甲基化水平
    03 m6A RNA修飾上游酶的篩選
    m6A RNA修飾相關酶PCR芯片
    尋找上游直接調控m6A RNA甲基化的甲基轉移酶。
    04 m6A RNA修飾靶基因驗證
    MeRIP-qPCR
    云序提供各類不同修飾的meRIP-qPCR服務,可針對mRNA,lncRNA,環狀RNA等不同類型的RNA分子進行檢測,低通量驗證RNA修飾靶基因表達水平。
    05機制互作研究
    5.1  RIP-seq/qPCR
    篩選或驗證RNA修飾直接靶點,研究RNA修飾靶基因的調控機制。
    5.2 RNA pull down -MS/WB
    篩選或驗證目標RNA互作基因或蛋白,研究相應的分子調控機制。
    5.3雙熒光素酶實驗
    驗證兩基因互作,研究相應的分子調控機制。
    5.4 ChIP-seq
    篩選或驗證目標蛋白與DNA互作,研究相應的分子調控機制。
    --  云序生物服務優勢  --

    優勢一:發表10分以上文章*多的m6A RNA甲基化測序服務平臺。云序已累計支持客戶發表71篇高水平RNA修飾文章,合計影響因子570分+,是國內支持發文*多、累計影響因子**的公司。
    優勢二:至今完成4000+例 m6A測序樣本,**覆蓋醫口、農口等各類樣本。
    優勢三:**檢測mRNA和各類非編碼RNA(circRNA,lncRNA,Pri-miRNA等)。
    優勢四:**提供m6A一站式服務:m6A整體水平檢測、m6A測序、MeRIP-qPCR驗證、RIPRNA pull-down等。

    優勢五:率先研發微量MeRIP測序技術,RNA量低至500ng起。

    優勢六:國內*全的RNA修飾測序平臺,提供m6A、m5C、m1A、m7G、m3C、m6Am、O8G、ac4C乙?;?'-O-甲基化測序。

    三、云序客戶RNA修飾部分文章列表

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