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    表觀遺傳學研究
    ctDNA甲基化測序
    日期:2019年07月15日    來源:云序生物
    新型腫 瘤標志物篩選利器-----ctDNA甲基化測序
    cfDNA(Cell free DNA)是人體組織排放到血液、尿液或腦脊液等循環體系中的降解的DNA小片段,是一種新型的分子標記物。ctDNA(Circulating tumor DNA)特指來源于腫 瘤細胞的cfDNA,是液體活檢主流方向。
    報道表明:ctDNA甲基化不僅可以作為腫 瘤分子標志物,還可用于追溯腫 瘤細胞的組織來源。在醫療大趨勢下,ctDNA甲基化檢測既具有極高的科研價值,又具備推進醫療臨床實踐的巨大潛能,為實現腫 瘤臨床治 療的全病程管理提供強有力的支持。利用ctDNA甲基化測序,僅憑一管液體就可以進行腫 瘤診斷、療效評估、實時監控、個體化用藥、預測復發等,是里程碑式的新型液體活檢技術。
    云序生物率先推出ctDNA甲基化測序服務,低僅需1ng ctDNA既可進行測序??蛻魞H需提供血漿,血清或體液樣本,云序生物為您完成從ctDNA提取,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。

    云序生物率先推出兩種ctDNA甲基化測序服務。(1免疫共沉淀測序(MeDIP-Seq:通過5mC抗體特異性抓取基因組上發生甲基化的ctDNA片段,并結合高通量測序技術,高性價比檢測ctDNA甲基區域;(2)單堿基測序(Bis-Seq):采用經典重亞硫 酸鹽處理的方式,未發生甲基化的C堿基會轉換成U,發生甲基化的C堿基還是C,并結合高通量測序技術,可對ctDNA甲基化進行單堿基精確定位。

    客戶僅需提供血漿,血清或體液樣本,云序生物為您完成從ctDNA提取,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。

    ctDNA甲基化來源
    圖1. ctDNA甲基化來源
    具臨床應用前景的分子標志物-----ctDNA甲基化
    ctDNA甲基化研究應用范圍
    圖2. ctDNA甲基化研究應用范圍

    1. ai癥早篩界明星:ctDNA甲基化與ai癥發展各時期關系密切,特別是ai癥早期。
    ctDNA甲基化與癌癥發展各時期關系密切,特別是癌癥早期
    2. 鑒定ai癥有效手段:ai癥組中ctDNA甲基化水平與正常組差異明顯。ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)遠高于傳統分子標志物AFP(AUC:0.969)。
        癌癥組中ctDNA甲基化水平與正常組差異明顯。ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)遠高于傳統分子標志物AFP(AUC:0.969)癌癥組中ctDNA甲基化水平與正常組差異明顯。ctDNA甲基化基因的有效性(AUC:0.816)遠高于傳統分子標志物AFP(AUC:0.969)
    3.助力藥 物或其他手段治 療效果評估在治 療過程中,ctDNA甲基化水平與ai細胞數量呈正比,可用于協助評估用藥療效、復發及治 療后期轉移動態的監測。
     在治 療過程中,ctDNA甲基化水平與ai細胞數量呈正比,可用于協助評估用藥療效、復發及治 療后期轉移動態的監測。
    在治 療過程中,ctDNA甲基化水平與ai細胞數量呈正比,可用于協助評估用藥療效、復發及治 療后期轉移動態的監測。在治 療過程中,ctDNA甲基化水平與ai細胞數量呈正比,可用于協助評估用藥療效、復發及治 療后期轉移動態的監測。
    高影響因子文章利器-----ctDNA甲基化
    近年來已發表期刊(部分)
    圖3. 近年來已發表期刊(部分)
    高 分期刊評語(ctDNA甲基化適用于分子標志物)
    圖4. 高影響因子期刊評語(ctDNA甲基化適用于分子標志物)

    技術優勢
    一站式服務:客戶只需提供樣本,云序生物為您完成從ctDNA提取,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。
    特異性富集ctDNA片段:云序生物具有豐富樣本處理經驗,采用ctDNA提取試劑盒,富集效率高。
    嚴格質控流程:云序生物質控流程嚴格,層層把關,為客戶提供高準確度的結果。
    專業化生物信息分析:云序生物強大生物信息團隊,滿足客戶個性化數據分析要求。
    樣本要求
    1)樣品類型:血清、血漿、體液等。其他樣本類型請詳詢。
    2)樣品量:
    血清,血漿:≥5 mL;
    體液:請詳詢。
    3)樣品保存:
    血清、血漿、體液樣品,液氮速凍后-80℃保存。樣品保存期間避免反復凍融。
    4)樣品運輸:樣品置于1.5 mL管中,封口膜封好,干冰運輸。
    案例解析
    案例1:ctDNA甲基化可作為肝ai診斷和進程的分子標志物

    原文:Circulating tumour DNA methylation markers for diagnosis and prognosis of hepatocellular carcinoma
    期刊:Nature Materials  影響因子:
    39
    本篇文章的作者是美國加州大學圣地亞哥分校教授張康與廣州中山大學附屬腫 瘤醫院院長徐瑞華團隊一同合作完成,通過對比肝ai患者血漿,組織及健康人白細胞中ctDNA甲基化分布情況,發現肝ai患者體內血漿和組織一致性很高。通過1,098位肝ai患者和835位健康者的ctDNA甲基化情況及病理信息為資源庫,建立了疾病預測分析模型,結果顯示該模型基因的特異性,敏感性與腫 瘤狀態,診斷反應和時期明顯相關(P<0.001)。與此同時,作者還構建了診斷結果預測模型,該模型的基因可用于預測疾病診斷和生存時期的分子標志物(P<0.001)??偟膩碚f,ctDNA甲基化作為分子標志物,在肝ai診斷,生存和進展過程中發揮著重大意義。
    在前期建模結果中找到10個差異甲基化基因,用于肝癌的早期診斷檢測特異性高達85.7%以上
    圖1. 在前期建模結果中找到10個差異甲基化基因,用于肝ai的早期診斷檢測特異性高達85.7%以上
    聚類圖顯示ctDNA甲基化可區分疾病和正常組
    圖2. 聚類圖顯示ctDNA甲基化可區分疾病和正常組
    ctDNA甲基化應用:區分疾病與正常組、成瘤與否、治療前后對比、手術前后是否復發、癌癥的分期和進一步確定傳統分子標志物的準確性
    圖3. ctDNA甲基化應用:區分疾病與正常組、成瘤與否、治 療前后對比、手術前后是否復發、ai癥的分期和進一步確定傳統分子標志物的準確性
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