技術簡介
     DNA甲基化是基因組一種主要的表觀遺傳修飾形式，它能夠調控基因表達、染色質穩定性、X染色體失活及抑 制病 毒和外源基因的表達等生物過程，與人類的ai癥、衰老、老年癡呆等許多疾病密切相關，是表觀遺傳學研究中的熱點之一。
云序生物提供新一代的DNA甲基化芯片Illumina Infinium MethylationEPIC BeadChip測序服務（下文中以850K芯片代稱）。850K甲基化芯片有效的利用高通量篩選技術，不僅實現基因區域和CpG島的全 面覆蓋，還包括 CpG 島之外的甲基化位點、在人類干細胞中鑒定出了非 CpG 甲基化位點、miRNA 啟動子區域、以及腫 瘤和正常組織中差異表達的甲基化位點等。廣泛應用于ai癥、腫 瘤和其他復雜疾病的研究，是目前適合表觀基因組全關聯分析研究的全基因組DNA甲基化芯片。
云序優勢 
單堿基分辨
分辨率高，可以直接檢測到發生甲基化的確切位點。
覆蓋范圍廣：
檢測>850,000個 CpG 位點，全 面覆蓋CpG島、啟動子、編碼區、開放染色質和增強子等。
一站式服務：
客戶只需提供細胞、組織或基因組DNA，云序生物為您完成從DNA富集，文庫制備，上機測序到數據分析整套服務流程。
嚴格的質控：
云序生物對805K芯片測序實驗的各個關鍵步驟進行嚴格的質控，全程監控實驗質量，確?？蛻舻玫絻?質的數據。
專業的生物信息學分析
專業的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析需求。
數據分析
1.數據標準化和bead值分析

2.差異DNA甲基化位點的識別與聚類分析
識別樣本間的差異甲基化位點，發現與特定表型或疾病相關的甲基化位點。
3.差異DNA甲基化位點PCA分析

識別樣本間的差異甲基化位點，并進一步分析樣本間的整體甲基化差異。
4. 差異甲基化區域分析DMR（Differentially Methlated Region）

篩選出差異甲基化連續的差異片段區域，默認p-value<0.05作為差異甲基化區的閾值，具體以報告為準。
dmrNo    dmrChrom    dmrStart    dmrEnd    dmrSize    ...    dmrCoreSize    dmrP    ensemblID
DMR編號    染色體    DMR起始    DMR終止    DMR大小    ...    DDMR核 心大小    DMR的P值    基因編號
5. 差異DNA甲基化的GO （Gene Ontology）與信號通路分析

對差異DNA甲基化基因進行功能分類，并發現明顯性富集的功能條目。
案例分析
案例1：鱗狀細胞aiDNA甲基化在細胞中的特征性分析
原文：Rodríguez-Paredes, M., Bormann, F., Raddatz, G. et al. Methylation profiling identifies two subclasses of squamous cell carcinoma related to distinct cells of origin. Nat Commun 9, 577 (2018) .
期刊：Nature Communication 影響因子：11.878
本文作者利用850K芯片分別檢測健康表皮、光化性角化病表皮、皮膚鱗狀細胞ai表皮的DNA甲基化狀態，發現AK甲基化顯示出經典的腫 瘤甲基化的結構與cSCC的結構高度相似，通過降低DNA甲基化年齡、非CpG島甲基化、干細胞相關的角蛋白和增強子甲基化模式進一步分析，證實了干細胞甲基化的典型特征。同時還發現這些特征只在一半的樣本中檢測到，而另一半則顯示出與健康的表皮關系更密切。這些都表明AK 和 cSCC 存在兩種亞型，并分別起源于不同的角質形成細胞分化階段?？偠灾?，本文利用高通量技術手段研究鱗狀細胞aiDNA甲基化在細胞分化過程中特征性分析，為其臨床學的應用奠定了基礎。

圖1.  AK和cSCC中角質蛋白基因簇的甲基化特征識別

案例2 ：鼻細胞表觀基因甲基化作為兒童哮 喘和氣道炎癥生物標志物的研究
原文：Cardenas, A., Sordillo, J.E., Rifas-Shiman, S.L. et al. The nasal methylome as a biomarker of asthma and airway inflammation in children. Nat Commun 10, 3095 (2019).
期刊：Nature Communication 影響因子：11.878
本文作者研究團隊首先借助850K甲基化芯片平臺對547名兒童鼻孔細胞表觀基因組做了DNA甲基化檢測分析，并對當前的哮 喘、變應原致敏、變應性鼻炎、呼出氣一氧化氮(FeNO)和肺功能進行了鼻表觀基因組關聯分析(EWAS)。結果顯示DNA差異甲基化主要發生在哮 喘相關基因、參與Th2和嗜酸性反應的基因、以及可能改變呼吸上皮的通透性和功能的基因。作者還發現發現隨著過敏和哮 喘生物標志物的升高，表觀遺傳年齡會加速。綜上所述，鼻細胞外基因組甲基化可以作為哮 喘、過敏和氣道氣道炎癥的敏感生物標志物，以及這些表型的特異性生物學過程。

圖2. 鼻基因DNA整體甲基化差異相關的因素

樣本要求
樣品類型：
細胞、組織、基因組DNA。其它類型樣品請詳詢。
樣品量：
a）細胞 2×107
b）組織 100 mg
c）DNA：每個樣品總量不少于2ug，濃度不低于50ng/μl，溶于無菌水或 TE（PH = 8）（OD 260/280值應在1.7～2.0 之間；RNA 應該去除干凈；不得有其它個體或其它物種的DNA污染）。
樣品運輸及保存：
樣品運輸：樣品置于1.5mL Eppendorf管中，封口膜封好，干冰運輸，DNA可用冰袋運輸。
樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊切塊，液氮凍存后-80℃保存；DNA樣品短期內可-20℃，避免反復凍融。