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    表觀遺傳學研究
    體液樣品環狀DNA甲基化測序技術
    日期:2021年08月18日    來源:
    環狀DNA簡介
    游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被發現常常以環狀的形式存在,這種形式的DNA被稱為eccDNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也習慣將巨大的環狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA, 而將相對較小的環狀DNA稱為eccDNA。
    傳統觀點認為真核基因組通常形成穩定的線性染色體。但**的研究表明:無論是在正常體細胞還是*細胞中,都存在大量染色體外環狀DNA。近日,Nature雜志上發表了顛覆性研究成果:在**中,主要的*基因轉錄本是直接來自于環狀DNA的,而環狀DNA的染色質是高度開放的,環狀DNA的*基因能夠大量表達,同時缺乏絲粒,導致不遵照孟德爾定律進行遺傳,這種特性使得環狀DNA是驅動**異質性的重要機制。由此可見,由于其結構和表達的特異性,環狀DNA可以影響細胞生命活動,促進**細胞演進和適應性進化,增加了基因組的可塑性和不穩定性。目前,環狀DNA不**可以作為一種新型特異的**標志物,還在**發**展機理研究中發揮著重大的潛在價值??梢灶A見的是,環狀DNA將迅速成為新的科研熱點,甚至會對傳統遺傳學和基因組學帶來**性影響。

    技術簡介
    游離于染色體基因組之外的DNA (extrachromosomal DNA,ecDNA)被發現常常以環狀的形式存在,這種形式的DNA被稱為環狀DNA (extrachromosomal circular DNA)。目前也習慣將巨大的環狀DNA(>1Mb)稱為ecDNA,而將相對較小的環狀DNA稱為eccDNA。
    環狀DNA連登《Nature》《Cell》等**期刊,徹底顛覆了人們對基因遺傳的傳統認知,成為了**潛力的科研新熱點。云序生物環狀DNA甲基化測序技術基于轉座酶和m5C位點酶學轉化方法,用核酸外切酶V消化以去除線性DNA。通過轉座酶打開環狀DNA的環形結構,并在DN**段的兩端加上接頭。通過Klenow酶修復轉座產物的末端缺口。通過溫和的酶轉化法,將未甲基化的胞嘧啶(C)高效地轉化為尿嘧啶(U),后續進行文庫構建與高通量測序,從而獲得發生甲基化修飾的環狀DNA,雙端測序,上機測序數據量24G。該技術可以同時檢測環狀DNA和環狀DNA的甲基化修飾狀態,為環狀DNA的深入研究及新型分子標志物的開發提供了新的技術手段。
    血清血漿環狀DNA甲基化測序
    云序優勢
    適用于微量體液樣品:
    客戶只需提供血清、血漿、尿液、腦脊液等體液,云序生物為您完成從樣品準備、環狀DNA富集、文庫制備、上機測序到數據分析整套服務流程。
    一箭雙雕的結果:
    同時檢測環狀DNA及其甲基化狀況,節約樣品,性價比高。
    專業的生物信息學分析:
    專業的生物信息學團隊,開發了高效識別分析環狀DNA的算法,且能單堿基分辨甲基化修飾位點,滿足客戶的各類深入數據分析需求。


    樣本要求

    樣品類型:
    血清、血漿、尿液、腦脊液。
    樣品量:
    血清、血漿:5mL
    尿液:5-10mL
    腦脊液: 5mL
    樣品運輸及保存:
    樣品干冰運輸。血漿需使用EDTA抗凝管(綠色蓋子抗凝管),勿用肝素管取樣。



    數據分析
    1.環狀DNA的識別及甲基化水平
    環狀DNA的識別及甲基化水平

    2.環狀DNA的基因注釋
    環狀DNA的基因注釋

    3.環狀DNA長度分布圖
    環狀DNA長度分布圖

    4.環狀DNA甲基化水平統計
    環狀DNA甲基化水平統計

    案例解析
    案例1:孕婦血漿中胎兒環狀DNA 的特征是:呈甲基化狀態以及被**
    原文:Characteristics of Fetal Extrachromosomal Circular DNA in Maternal Plasma: Methylation Status and Clearance
    期刊:Clinical Chemistry 影響因子:8.322
    近期,NIPT之父盧煜明教授團隊開發了一種環狀DNA 甲基化分析的測序方案,通過對不同產后時間點的胎兒環狀DNA含量的評估,研究了胎兒環狀DNA的體外**效率。作者還發現血漿中的胎兒 環狀DNA 與母體 環狀DNA 相比甲基化程度相對較低。此外,和胎兒線性DNA類似,胎兒環狀DNA在分娩后從母血中迅速**??傊?,該團隊基于轉座酶和m5C位點酶學轉化方法開發出了環狀DNA甲基化測序技術,并揭示了孕婦血漿中的胎兒環狀DNA甲基化狀況,為環狀DNA的深入研究及新型分子標志物的開發提供了新的技術手段。
    母體和胎兒來源的環狀DNA長度和甲基化分析
    圖1:母體和胎兒來源的環狀DNA長度和甲基化分析
    LnSOMOjC1KQOdHUmuelIRog+oI4b0q944OBNIdkpjVRmosQMu5dVfIu0m8rPFrR1a0uO88v4MbyXJLEffcv/kqcfyZbdZTSexi1ZhooeiPDBc528m7ZMd0PLx1AutN/jsYnY0wPqK4qn4aHpx20XWkF/9logzpwYZUNsVSooe/Q=