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    環狀RNA研究
    m1A 環狀RNA測序
    日期:2018年06月08日    來源:

    技術簡介

    m1A RNA甲基化是一類新發現的RNA甲基化,即RNA分子腺嘌呤第1位氮原子上的甲基化修飾(N1-methyladenosine,m1A)。研究表明,m1A是真核生物tRNA和rRNA豐度很高的一種轉錄后修飾,近期研究也表明m1A修飾可調控mRNA翻譯。m1A修飾作為一類新型RNA甲基化,其功能和機制都亟待挖掘。

    與m6A RNA檢測方式一致,針對m1A修飾也采用MeRIP-seq技術,抗體富集的技術原理如下:將m1A RNA甲基化特異性抗體與被隨機打斷的RNA片段進行共孵育,抓取有甲基化修飾的片段進行測序;同時需要平行測序一個對照(Input)樣本,對照樣本為未進行IP反應的RAN片段,對照樣本用于消除非特異性抓取甲基化片段的背景。

    m1A RNA-seq實驗流程
     云序生物m1A RNA-seq實驗流程


    產品列表
    產品列表


    云序優勢
    技術優勢:
    可單堿基分辨率檢測m1A甲基化修飾。
    特異性高:
    m1A RNA-seq采用商業化m1A抗體,可特異性富集m1A修飾片段。
    一站式服務:
    客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從m1A RNA-seq富集、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。
    專業的生物信息學分析:
    云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。


    樣本要求
    樣品類型:
    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
    樣品量:
    細胞: > 1×108
    組織: > 5 g 
    總RNA:> 300 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5;無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾 28S:18S≥1.5或者RIN≥7)
    樣品運輸及保存:
    樣品運輸:樣品置于1.5mL離心管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊(切成5-10 mg的小塊),可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。


    數據分析(下列有※表示個性化分析)

    1、RNA甲基化富集峰分布圖


    RNA甲基化富集峰分布圖


    2、RNA甲基化位點motif分析

    RNA甲基化位點motif分析


    3、RNA甲基化富集峰可視化圖

    RNA甲基化富集峰可視化圖


    4、差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析

    差異甲基化區的GO和KEGG信號通路分析

    FHG6buhhDhMwORnY1/CnHIg+oI4b0q944OBNIdkpjVQrdH5ICR6AQ6mBRu6z7rv/a0uO88v4MbyXJLEffcv/kqcfyZbdZTSeJ9N68BUTNu17uCJZQ8MW85ocz0WhqNOtwFxOExNCjCXMbA10Aby7X3IT9qSD9tJaWlzRtogSWyD7dAAww7XmNIKzkRQwKsxgEVax6upyXA6lWwm7VkQQxA==