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    轉錄組測序
    細菌sRNA測序

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    技術簡介
    細菌小RNA(sRNA)是一類長度在50-300 nt的調控RNA, 與細菌生長,代謝,應激反應,致病性等密切相關。細菌sRNA多通過與靶mRNA配對, 在轉錄后水平影響目的mRNA翻譯或穩定性,對基因的表達進行調節, 進而影響細胞的多種生理功能。云序生物為客戶提供一站式的細菌小RNA測序服務,能夠幫助客戶識別新的細菌小RNA,解析細菌小RNA表達譜,預測細菌小RNA的靶基因,從而促進其功能和機制研究。
    云序優勢
    適用的細菌種類全 面:
    rRNA約占細菌RNA總量的95%以上,為了有效的檢測調控RNA分子,需要通過預處理去除掉rRNA。云序生物擁有市面上極全的去rRNA試劑盒,能夠去除各類細菌樣品中的rRNA,檢測小RNA分子。
    特異性富集小RNA:
    特異性的富集50-300 nt的小RNA片段,sRNA有效數據比例高。
    鏈特異性檢測:
    很多基因位點會生成轉錄方向相反的、具有重要調控功能的sRNA,常規的建庫方法無法區分這些反義RNA,而云序生物采用鏈特異性的建庫方法,可以檢測反義sRNA。
    一站式服務:
    客戶只需提供細菌或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。
    專業化的生物信息分析:
    云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。
    樣本要求
    樣品類型:
    菌體或總RNA。其它類型樣品請詳詢。
    樣品量:
    a)菌體數量:2×107
    b)總RNA:2 μg (OD260/280:1.6-2.3;濃度≥500ng/μl;RNA無明顯降解28S:18S≥1.5或者RIN≥7)
    樣品運輸及保存:
    樣品運輸:樣品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰運輸。
    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
    數據分析
    1、細菌sRNA的識別與注釋

    通過細菌sRNA高通量測序,采用嚴謹的生物信息分析學流程識別鑒定細菌sRNA,并根據數據庫中來源進行注釋。


    細菌sRNA的識別與注釋


    2、差異細菌sRNA的篩選
    篩選(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)兩組或多組樣品間的差異表達sRNA。
    注:Fold Change代 表差異程度,P值代 表差異的明顯性,篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整

    差異細菌sRNA的篩選
    3、差異細菌sRNA的聚類
    差異細菌sRNA的聚類
    4、差異細菌sRNA的可視化

    sRNA測序讀數可以映射到參考基因組,任何感興趣的基因可以在IGV(Integrative Genomics Viewer)。


    差異細菌sRNA的可視化

    案例分析
    案例1. 鑒定新的sRNA
    原文:Deep sequencing-based identification of small regulatory RNAs in Synechocystis sp. PCC 6803

    期刊:PLoS One
    本文通過細菌小RNA測序在細菌Synechocystis sp. PCC 6803中鑒定出5211個小RNA,并利用sRNA-PCR驗證了其中的27個。通過進一步的sRNA靶基因預測發現:這些sRNA普遍參與糖酵解、三羧酸循環、脂肪酸代謝等基礎代謝通路,表明sRNA調控網絡在細菌代謝過程中發揮著重要的作用。

    sRNA的靶基因GO分析

    圖1. sRNA的靶基因GO分析

    案例2. sRNA功能研究
    原文:Differential RNA-seq of Vibrio cholerae identifies the VqmR small RNA as a regulator of biofilm formation

    期刊:Proc Natl Acad Sci USA 影響因子:11.56
    本文通過sRNA測序檢測了野生型霍亂弧菌和群體感應缺 陷霍亂弧菌中的sRNA表達譜,發現了107個非編碼小RNA。其中,一個被稱為VqmR的sRNA位于蛋白質編碼基因vqmA上游。vqmA基因編碼轉錄因子,激 活VqmR表達。進一步的細菌sRNA靶基因預測發現VqmR至少靶向8個靶基因。其中,靶基因vpsT調控菌膜形成。后續實驗證實:sRNA VqmR通過抑 制靶基因vpsT表達阻礙細菌菌膜形成。

     VqmR和靶基因vpsT的結合情況

    圖2. VqmR和靶基因vpsT的結合情況

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