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    轉錄組測序
    piRNA測序

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    技術簡介
    piRNA是一類新型的非編碼小RNA,長度約為30nt,通過與Piwi蛋白相互作用發揮調控功能。它們主要存在于動物生殖細胞和干細胞中,與生殖細胞的生長發育密切相關。研究表明:piRNA也存在于中樞 神經細胞中,可以幫助記憶形成。piRNA的研究尚處于起步階段,其組織特異性的分布以及更多的生物學功能尚待進一步闡述。云序生物的piRNA測序服務通過數據庫信息全 面分析樣品中的全部piRNA,為piRNA的篩選和研究提供了強有力的工具。
    云序優勢
    一站式服務:
    客戶只需提供細胞,組織,體液或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。
    特異性富集piRNA片段:
    特異性的富集和檢測piRNA, piRNA有效數據比例高于其它公司提供的常規小RNA測序服務。 
    專業化的生物信息分析:
    云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。
    樣品要求
    樣品類型:
    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。

    樣品量:

    a) 細胞:2×106

    b) 組織:50 mg

    c) 體液:全血、血清、血漿2-3 ml

    腦脊液:5 ml

    尿液:50 ml

    d) 總RNA:2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾)

    樣品運輸及保存:  

    樣品運輸:樣品置于1.5mL Eppendorf管中,封口膜封好,干冰運輸。 

    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。
    數據分析(下列有※表示個性化分析)
    1、新piRNA預測
    合并來自全部樣品的trimmed reads,并使用piano軟件進行新piRNA預測,獲得可能的新piRNA。

    注:Novel piRNA-新預測的piRNA的名字;Novel piRNA-seq-新預測的piRNA的序列

    新piRNA預測


    2、差異piRNA篩選與聚類

    篩選(Fold Change≥2, P值≤ 0.05)兩組或多組樣品間的差異表達piRNA。
    注:Fold Change代 表差異程度,P值代 表差異的明顯性,篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整

    差異piRNA篩選與聚類

    3、piRNA-靶基因網絡圖

    piRNA能夠通過堿基互補配對,靶向mRNA,并調控mRNA表達。云序生物使用miranda軟件預測piRNA的靶基因,并根據得到的piRNA靶基因,構建piRNA-靶基因網絡,來探討piRNA的功能作用。


    piRNA-靶基因網絡圖


    4、piRNA靶基因GO和信號通路分析
    對piRNA的靶基因進行GO和信號通路分析,從而幫助推斷piRNA的生物學功能。


    piRNA靶基因GO和信號通路分析

    案例解析

    案例1:piRNA在肝ai中的功能

    原文:Deep sequencing of small RNA transcriptome reveals novel non-coding RNAs in hepatocellular carcinoma 

    期刊:Journal of Hepatology 影響因子:14.91 

    本文通過高通量測序檢測了2株肝細胞ai細胞系(HKCI-4,HKCI-8)和1株正常肝細胞系(MIHA)中的小RNA表達情況,發現了一個新的piRNA(piR-Hep1)在肝ai細胞系中高表達。通過進一步的小RNAqPCR發現:46.6% 的肝細胞ai組織中的piR-Hep1相對于ai旁組織高表達。后續的功能實驗證實:沉默piR-Hep1的表達會抑 制肝ai細胞的存活,移動和浸潤。

     肝癌細胞系中的小RNA組成

    圖 1. 肝ai細胞系中的小RNA組成 

    案例2:成人睪丸中的piRNA表達譜
    原文:A comprehensive analysis of piRNAs from adult human testis and their relationship with genes and mobile elements 

    期刊:BMC Genomics 影響因子:3.73 

    本文通過piRNA測序調查了3個成人睪丸樣品的piRNA表達譜,并發現:近17M可能的piRNA來源于約6000個基因簇。當一部分piRNA來源于蛋白編碼基因的3’ UTR區,而且這些蛋白編碼基因在特定的生物過程中富集,說明piRNA的生成并非隨機。此外,有16%的piRNA來源于數百個長鏈非編碼(LncRNA)基因,說明lncRNA基因也可以作為piRNA前體。另外,在基因組可移動元件中,piRNA與LTR和內源性逆轉錄病毒的聯系更為緊密。


    LncRNA LINC00837可作為piRNA前體

    圖2.  LncRNA LINC00837可作為piRNA前體 

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