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    轉錄組測序
    tRNA測序

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    技術簡介

    轉運RNA(tRNA)是一類具有攜帶并轉運氨基酸功能的非編碼小RNA。tRNA除了參與蛋白合成外,還參與調控多種生理病理過程。研究表明:tRNA能通過多種機制調控基因的表達,與腫 瘤、代謝疾病、神經退行性疾病甚至病 毒感 染等重大疾病的發生 發展息息相關。

    成熟tRNA豐富的轉錄后修飾和二級結構都限制了傳統RNA-seq的加接頭和cDNA合成效率,云序生物的tRNA測序可以有效地去除tRNA的內部修飾和末端修飾,使得tRNA測序獲得更高的檢測效率,防止信息的丟失,為客戶提供完整的測序報告。


    tRNA-seq流程圖

    tRNA-seq流程圖

    云序優勢
    高檢測效率:
    有效去除tRNA甲基化修飾和末端修飾,使tRNA-seq具有高檢測效率。
    系統性 服務:
    系統性提供tRNA測序、tiRNA和tRF測序、tRNA m5C甲基化測序等tRNA相關產品服務。
    數據全 面:
    權威的tRNA數據庫,全 面的tRNA表達譜分析。
    專業的生物信息學分析:
    云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。
    樣本要求
    樣品類型:
    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。
    樣品量:

    a) 細胞:2×106

    b) 組織:50 mg

    c) 體液:全血、血清、血漿2-3 ml

    腦脊液:5 ml

    尿液:50 ml

    d) 總RNA:2 μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾) 

    樣品運輸及保存:

    樣品運輸:樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸 

    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊,可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后,-80℃保存,RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,樣品保存期間避免反復凍融。 

    數據分析(下列有※表示個性化分析)
    1、tRNA長度統計圖


    tRNA長度統計圖


    2、tRNA散點圖

    tRNA散點圖


    3、差異表達的tRNA聚類分析

    差異表達的tRNA聚類分析


    4、編碼tRNA基因啟動子motif分析

    編碼tRNA基因啟動子motif分析


    5、反密碼子分析

    反密碼子分析


    案例解析
    案例1:tRNA促進乳腺ai轉移
    原文:Modulated Expression of Specific tRNAs Drives Gene Expression and Cancer Progression

    期刊:Cell 影響因子:31.39
    本文通過tRNA測序和嚴謹的生物信息學分析,發現高轉移性乳腺ai細胞亞株MDA-LM2與CN-LM1a中某些特異性tRNA水平上調會使細胞獲得轉移能力。通過相應實驗證實,tRNA GluUUC與tRNA ArgCCG是乳腺ai轉移的助推因子。tRNA GluUUC與tRNA ArgCCG的上調會增加轉錄本穩定性及轉錄本與核糖體的結合力,這一調控作用具有密碼子特異性。特別是tRNA GluUUC可通過直接增強下游靶基因EXOSC2和GRIPAP1表達進而形成一條受tRNA驅動的“可誘導”通路,從而促進乳腺ai的轉移。

    不同細胞中差異表達的tRNA,特異性tRNA與轉移乳腺癌細胞的相關性


    圖1. 不同細胞中差異表達的tRNA,特異性tRNA與轉移乳腺ai細胞的相關性

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