技術簡介
tiRNA和tRF是近期發現的一類來源于tRNA的新型小RNA，長度在16-50 nt。tiRNA是來源于成熟tRNA的半分子，血管生成素會在壓力應激下介導tRNA切割成5’-和3’-tRNA半分子，長度約30-35nt。tRFs是來源于成熟tRNA或前體tRNA的小片段，根據其在tRNA上對應的位置可進一步分為tRF-5，tRF-3， tRF-1和i-tRF等，長度約為15-30nt。據報道，tiRNA和tRF可以microRNA的方式參與RNA干擾，另外可結合諸如YBX1蛋白因子調控靶mRNA的穩定性。tiRNA和tRF不僅可作為疾病診斷的生物標志物，還具有治 療潛能。云序生物tiRNA測序采用獨有的﹑全 面的tiRNA和tRF數據庫進行分析。
云序優勢

超高性價比： 

一舉兩得，同時檢測和分析tiRNA和tRF。

全面檢測： 

權威的tiRNA和tRF數據庫，提供全 面的tiRNA和tRF表達譜分析。 

高檢測效率： 

性能優化的測序方法與嚴格的質控過程，高檢測效率。

一站式服務： 

客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA，云序生物為您完成從樣品準備、文庫制備、上機測序到數據分析的整套服務流程。

專業的生物信息學分析： 

云序生物具有強大的生物信息學團隊，能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求。 

樣本要求 

樣品類型： 

組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。 

樣品量： 

a）細胞：2×10⁶ 

b）組織：50 mg 

c) 體液：全血、血清、血漿2-3 ml 

尿液：50 ml 

腦脊液：5 ml 

d）總RNA：2 μg （OD260/280≥1.8；OD260/230≥1.5；無明顯降解，電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰，無明顯彌散或拖尾 28S：18S≥1.5或者RIN≥7） 

樣品運輸及保存： 

樣品運輸：樣品置于1.5mL管中，封口膜封好，干冰運輸。 

樣品保存：細胞樣品或新鮮組織塊，可用TRIZOL或RNA保護劑處理，液氮凍存后，-80℃保存，RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中，-80℃保存，樣品保存期間避免反復凍融。

數據分析

1、tRF散點圖

2、tRF聚類分析

3、5’-tRNA片段富集分析

4、Venn圖

5、可視化

案例解析
案例1：tRF抑 制乳腺ai轉移

原文：Endogenous tRNA-derived fragments suppress breast cancer progression via YBX1 displacement

期刊：Cell 影響因子：31.29

本研究通過小RNA測序發現低轉移性乳腺ai細胞系MDA中Glu/Asp/Gly/Tyr的tRNAs在缺氧條件下可生成一系列的tRFs表達增加，這些tRFs可與致ai基因的3’UTR競爭性結合YBX1蛋白，從而降低多個乳腺ai致ai轉錄本的穩定性。這種轉錄后的沉默模式具序列特異性，這些片段有共同序列區域與YBX1識別序列相結合。通過功能性實驗驗證tRFs可抑 制乳腺ai細胞的增殖和侵襲。YBX1本身的功能是使致ai轉錄本的穩定性增加，ai癥基因蛋白表達水平增強。這種tRFs產生的競爭性置換抑 制致ai基因轉錄本的穩定性和表達，也就抑 制了ai癥轉移。

圖1. 小RNA測序發現低氧誘導乳腺ai細胞系MDA中tRFs含量增加，且共同序列明顯富集，例如tRNA Glu明顯上調

圖2. RNA pull down驗證tRFs與YBX1結合