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    轉錄組測序
    LncRNA測序

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    技術簡介
    長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA,LncRNA)是一類長度超過200nt,不編碼蛋白質的RNA分子。這類RNA分子在表觀遺傳水平、轉錄水平以及轉錄后等水平調控基因的表達,從而普遍參與動植物的各種生理學過程。此外,還證實LncRNA與ai癥、心血管疾病、神經退行性疾病等多種人類疾病密切相關。目前,LncRNA已經取代miRNA成為近幾年來耀眼的明星RNA分子,是國際上的研究熱點。
    云序生物提供的LncRNA測序服務同時分析特定樣品中的全部LncRNA和mRNA,并根據已知數據庫和文獻對LncRNA進行詳細注釋,能夠幫助客戶篩選與特定生物學過程或疾病相關的LncRNA,并為后續的LncRNA功能和機制研究提供極大的便利。配合云序生物強大的生信分析實力,我們提供的不僅是海量的測序數據,而且是根據您的研究目的,有針對性地挖掘提煉出取之即可用的結果及出版級圖片。
    云序優勢
    適用于降解樣品:
    大部分公司采用低成本Oligo d(T)法富集LncRNA,但降解樣品中的LncRNA和mRNA會丟失Poly(A)尾巴,從而無法被檢測到。云序生物采用特有的,可適用于降解樣品的去rRNA試劑盒,能夠極大程度地保留降解樣品中的LncRNA信息。尤其適合于臨床樣品的LncRNA檢測。
    全 面檢測全部LncRNA:
    約有20%的LncRNA沒有Poly(A)尾巴,如果采用Oligo d(T)富集法會丟失這部分LncRNA信息。云序生物擁有市面上全的,針對不同物種的去rRNA試劑盒,能夠保留全部LncRNA信息。
    鏈特異性檢測:
    很多mRNA基因位點會生成與轉錄方向相反的、具有重要調控功能的反義LncRNA。常規建庫方法無法區分這些反義LncRNA,而云序生物采用鏈特異性建庫方法,可以準確檢測反義LncRNA,提供全 面的LncRNA組信息。
    一站式服務:
    客戶只需提供細胞、組織、體液或總RNA,云序生物為您完成從樣品準備,文庫制備,上機測序到數據分析整套服務流程。
    專業化的生物信息學分析:
    云序生物具有強大的生物信息學團隊,能夠滿足客戶的各類深入數據分析要求
    樣本要求
    樣品類型:
    組織、細胞、體液或RNA樣品。其它類型樣品請詳詢。

    樣品量:

    a) 細胞:2×106

    b) 組織:50 mg

    c) 體液:全血、血清、血漿2-3 ml

    腦脊液:5ml

    尿液:50ml

    d) 總RNA:2μg (OD260/280≥1.8;OD260/230≥1.5; 無明顯降解,電泳檢測樣品特征性條帶完整清晰,無明顯彌散或拖尾) 

    樣品運輸及保存:
    樣品運輸:樣品置于1.5mL管中,封口膜封好,干冰運輸 

    樣品保存:細胞樣品或新鮮組織塊可用TRIZOL或RNA保護劑處理,液氮凍存后-80℃保存;血液樣品應使用EDTA抗凝,不可用肝素;RNA樣品可溶于乙醇或RNA-free的超純水中,-80℃保存,避免反復凍融。

    數據分析(下列有※表示個性化分析)

    1、差異LncRNA的篩選
    目的:篩選(Fold Change≥ 2,  P值≤ 0.05)兩組或多組樣品間的差異表達LncRNA。 

    注:Fold Change代 表差異倍數,P值代 表差異明顯,篩選中采用的倍數變化會根據具體數據情況進行調整

    差異LncRNA的篩選


    2、LncRNA靶基因共表達網絡分析(CNC)
    利用LncRNA與mRNA的共表達關系,構建LncRNA-mRNA共表達網絡圖,幫助發現LncRNA的靶基因,并推斷LncRNA的功能

    LncRNA靶基因共表達網絡分析(CNC)


    3、LncRNA靶基因集信號通路富集分析(LncRNA-GSEA)
    篩選與LncRNA共表達的靶基因,然后通過GSEA分析發現這些靶基因參與的信號通路,發現LncRNA參與調控的主要信號通路,幫助確定LncRNA的功能

    LncRNA靶基因集信號通路富集分析(LncRNA-GSEA)


    4、LncRNA臨近靶基因GO和信號通路分析
    搜索差異LncRNA的臨近基因,然后用差異表達的臨近基因進行GO富集分析和信號通路分析,了解LncRNA對臨近基因的影響,并以此推斷LncRNA參與的生物過程、分子功能和細胞組分


    LncRNA臨近靶基因GO和信號通路分析


    5、LncRNA-miRNA-mRNA關聯分析
    一些LncRNA可以通過與miRNA結合,調節miRNA靶基因的表達。通過LncRNA-miRNA-mRNA關聯分析,可以幫助推斷作為miRNA海綿發揮作用的LncRNA以及作用機制

    LncRNA-miRNA-mRNA關聯分析


    6、LncRNA上游轉錄因子分析
    預測特定LncRNA上游的轉錄因子結合位點,幫助判定該LncRNA所受的調控機制

    LncRNA上游轉錄因子分析


    案例解析

    案例1. Lnc-DC在樹突細胞分化中的作用

    原文:The STAT3-Binding Long Noncoding RNA lnc-DC Controls Human Dendritic Cell Differentiation 

    期刊:Science 影響因子:41.06 

    本文通過多種技術手段的聯合應用,確定了Lnc-DC在樹突細胞分化調控中的功能。首先,通過LncRNA測序鑒定出一個在人樹突細胞中特異性表達的LncRNA lnc-DC;然后通過ChIP測序,證實了lnc-DC的表達與其啟動子區的組蛋白H3K4me3修飾密切相關。進一步的RIP-PCR實驗表明:lnc-DC可以與轉錄因子STAT3結合,增強STAT3信號通路活性。

    通過LncRNA測序篩選樹突細胞分化的特異LncRNA

    圖1. 通過LncRNA測序篩選樹突細胞分化的特異LncRNA


    通過ChIP-Seq確定Lnc-DC基因區的組蛋白修飾情況(CD300E為對照)

    圖2. 通過ChIP-Seq確定Lnc-DC基因區的組蛋白修飾情況(CD300E為對照)

    案例2.急性骨髓性白血病相關的LncRNA分子標志物

    原文:Identification of Novel Long Non-Coding RNAs Underlying Vertebrate Cardiovascular Development 

    期刊:Circulation 影響因子:18.80

    本文通過LncRNA測序和生物信息學分析鑒定出了3個在心血管發育過程中特異性表達的新LncRNA。后續的共表達網絡分析表明:這幾個LncRNA的表達與一些調控細胞干性,心血管細胞分化的轉錄因子密切相關,暗示了這幾個LncRNA可能在心血管發育中發揮重要的功能。這種假設通過后續的功能實驗得到了驗證。

    共表達網絡分析:新發現的LncRNA的表達與一些調控心血管發育的轉錄因子密切相關

    圖3. 共表達網絡分析:新發現的LncRNA的表達與一些調控心血管發育的轉錄因子密切相關

    案例3.急性骨髓性白血病相關的LncRNA分子標志物

    原文:Expression and prognostic impact of lncRNAs in acute myeloid leukemia 

    期刊:PNAS 影響因子:9.50

    本文通過LncRNA測序和分子標志物篩選找出了一些與急性骨髓性白血病人預后相關的LncRNA。通過這些LncRNA的整體表達情況可以給每個病人打一個LncRNA分值,這個分值與病人的生存期密切相關。進一步結合LncRNA的表達數據和突變分析發現:LncRNA分值與特定的急性骨髓性白血病點突變有很強的關聯性。

     LncRNA分值與一些常見的急性骨髓性白血病點突變的聯系

    圖4. LncRNA分值與一些常見的急性骨髓性白血病點突變的聯系

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